Durch die archäologischen Grabungen, die 1979 in der Pfarrkirche durch¬geführt wurden, sind wir über die Baugeschichte des Gotteshauses gut unterrichtet. Sieben mittelalterliche Bauphasen konnten festgestellt werden; die heutige Barockkirche ist also das achte Gotteshaus an dieser Stelle. Den Ursprungsbau aus der Zeit um 700 bildete ein kleiner, nur etwa 8 m langer Raum mit halbkreisförmiger Apsis, der im südwestlichen Bereich des heutigen Langhauses situiert war. Er wurde im 9. und 10. Jahrhundert erweitert und im 11. Jahrhundert in die klassische Form eines romanischen Saalbaus mit quadratischem Chorraum und abschließender Halbkreisapsis (Länge 23,3 m) gebracht.

An diesen Bau wurde nördlich gleichsam ein zweites Schiff mit eigener Apsis angefügt und 1182 geweiht (siehe oben). Im 13. und, wohl durch Brand ausgelöst, im 15. Jahrhundert erfolgten weitere Vergrößerungen: In die Westwand wurde ein mächtiger Turm eingebaut und im Osten ein polygonaler Chor angefügt (Gesamtlänge 43,5 m). Das ganze Gebäude wurde dem Stil der Zeit angepasst und gewölbt.

1481 weihten Erzbischof Bernhard von Rohr und der Chiemseer Bischof Georg von Altorff diese spätgotische Kirche samt ihren Altären. Auf einem Gemälde aus der 1. Hälfte des 18. Jahrhunderts im Dechantshof und auf einer Bauaufnahme von 1736 ist die Gestalt des spätgotischen Gotteshauses mit dem langen, offensichtlich strebepfeilerlosen Chor und dem südlich an das Langhaus anschließenden Karner überliefert: Der Chor wies vier Jochschritte und einen dreiseitigen Schluss auf. Das Langhaus war in zwei Jochen mit jeweils riesigen Gewölbefeldern gedeckt, die sich - ähnlich wie in Abtenau - lediglich auf zwei nahe an die Außenwände gerückte Pfeiler stützte und sich in nischenförmige Raumteile (mit Strebenfunktion) erweiterten.

1632 lieferte der Salzburger Bildhauer Hans Pernegger d. J. einen neuen Hochaltar, von dem die Kreuzigungsgruppe (heute als Leihgabe im Dommuseum zu Salzburg) erhalten blieb.

1700 erhielt der Turm den achtseitigen barocken Aufsatz (nach dem Vorbild der Salzburger Domkirche und parallel zu vielen Landkirchen im Flachgau) samt einer geschwungenen Haube mit offener Laterne. Dieser Turmhelm wurde 1744/46 durch eine kunstvoll gegliederte Zwiebel er¬setzt. Damit ist gleichzeitig der Beginn des Kirchenneubaus markiert, der ab 1747 vonstatten ging. 

Schon seit 1733 hatte es Eingaben an das Konsistorium hinsichtlich eines Neubaus der Kirche gegeben; auch entsprechende Pläne lagen bereits vor.

Ins Treffen geführt wurde die Beengtheit des Raumes, weiters dass die Gläubigen bei größeren Zusammenkünften "einige Leybschaden" zu befürchten hätten, und dass es "bey solchen getreng nur Raupperei und Posheiten" gäbe. Außerdem wird von Wallfahrten berichtet, die besonders an Marienfeiertagen sowie am Jakobi- und Annatag eine große Zahl von Gläubigen nach Thalgau führten.

Als Initiator des Kirchenbaus kann Pfarrer Franz Kern (1734-1748) angesprochen werden; größte Verdienste erwarben sich zudem sein Nach¬folger Josef Gottfried Griennagel (1748-1775) sowie die Gerichtspfleger Franz Anton von Moll (1718-1751) und dessen Sohn Gottfried Ludwig (1751-1764).

Ab 1747 wurde nun - mit Ausnahme des Turmes - die gesamte Kirche neu errichtet. Die Pläne dazu lieferte der Hofmaurermeister Tobias Kendler, der u. a. noch die Kirchen von Gnigl (1731/1738) und Eugendorf (1736/1737) nach eigenen Plänen erbaut hat. Bis 1749 erfolgte der Neubau in Thalgau. Die Überlieferung, wonach die alte Kirche durch das neue mächtige Langhaus überdacht worden sei, ist wohl dahin gehend zu interpretieren, dass das alte Gebäude noch längere Zeit stehen blieb und benutzt werden konnte, als schon die neuen Außenmauern hochgezogen wurden.Ein Salzburger bzw. Flachgauer Künstlerteam schuf bis 1755 die gediegene einheitliche Einrichtung des neuen Gotteshauses in Formen des frühen Rokoko: Johann Benedikt Werkstätter (1708-1772), fürsterzbischöflicher Kammerportier und Hofmaler, lieferte die meisten Altargemälde. Die Altäre mit den ausgezeichneten Statuen, die Kanzel, die Ornamente zur Orgel und diverse weitere Figuren und Ziergegenstände kamen vom Neumarkter Bildhauer Sebastian Eberl (1711-1770). Die Pläne zum Hochaltar erstellte Johann Ernst von Keutschach (1710-1773), Hofkammerrat und Baudirektor in Salzburg.

Den (vorläufigen) Abschluss der Arbeiten bildete die Weihe der Pfarrkirche.

An dieser Stelle sei auf die bis heute sichtbaren spätgotischen Elemente in der Kirche hingewiesen: Das Turmerdgeschoß trägt ein einfaches Kreuzgratgewölbe; zwei kräftig profilierte Portale bilden den Zugang zum Turm, wobei jenes auf der Empore spitzbogig ist, jenes im Erdge­schoß jedoch einen phantasievoll abge­wandelten kielbogigen Abschluss hat; davor ist der rotmarmorne zwölfeckige Taufstein aufgestellt.

Die Deckenfresken malte Ludwig Glötzle (1847-1929), der in Salzburg durch die Ausmalung der Seitenkapellen des Domes (1888) bekannt geworden war. Dargestellt sind Szenen aus dem Leben des Kirchenpat­rons, das anband der einzelnen Darstellungen hier kurz aufgerollt werden soll (Reihenfolge der Bilder von der Empore nach vorne):

Martin wurde um 316 in Sabaria (heute Szombatheely bzw. Steinamanger in West­ungarn) geboren und wuchs in Pavia auf. Mit 10 Jahren wird er als Katechumene (Taufbewerber) in die Kirche aufgenommen (erstes Deckenfeld).

Mit 15 Jahren trat er auf Wunsch des Vaters in die römische Armee ein und diente in Gallien. Vor den Toren von Amiens soll sich die bekannte Szene ereignet haben, die Martins Wohltätigkeit sichtbar und ihn zum leuchtenden Vorbild christlicher Nächs­tenliebe macht: Der Heilige teilt seinen Mantel mit einem frierenden Bettler (Hoch­altarbild); in der folgenden Nacht erschien ihm Christus, gekleidet mit der Mantelhälfte des Bettlers ("Was ihr für einen meiner geringsten Brüder getan habt, das habt ihr mir getan", Mt 25,40; zweites Deckenbild).

Mit 18 Jahren empfing Martin vom hl. Bischof Hilarius von Poitiers die Taufe und verließ wenig später das Heer. Als Einsiedler auf der Insel Gallinaria bei Genua entsagte er den weltlichen Gesinnungen wie Reichtum, Macht, Ansehen, Ausschwei­fungen und selbst Familienglück, um sich ganz von Christus in Dienst nehmen zu lassen (drittes Deckenbild).

Zurück in Gallien, wurde Martin 371 vom Volk zum Bischof von Tours erwählt, wo er segensreich tätig war; besonders die Gründung einer Klostergemeinschaft vor den Toren seiner Bischofsstadt war ein für das Abendland bahnbrechender Akt.

Dass Martin eine Quelle zum Sprudeln brachte (viertes Deckenbild), dürfte einer wenig bekannten Legende entsprechen, es will seine Wunderkraft hervorheben (vgl. das Quellwunder des Mose, Ex 17,6). Im geistlichen Sinn meint es eher, dass Martin den Menschen seiner Zeit die Quelle des Heils, also den Glauben an Christus, erschlossen hat.

397 starb der Heilige, auf eigenen Wunsch auf einem ganz einfachen Lager und mit dem Gesicht beständig zum Himmel gerichtet, "damit der Geist zum Herrn werde gerich­tet", wie seine Lebensbeschreibung überliefert (Deckenbild über dem Triumphbogen).

Die göttlichen Personen von Va­ter und Geist sind - wie bei vielen anderen Barockaltären - durch eine Darstellung von Gottsohn zu ergänzen; im vorliegenden Fall ist wohl der Gekreuzigte am Tri­umphbogenkreuz in die Gesamtkomposition mit einzubeziehen. Auf den leicht konvexen Gebälk­stücken seitlich davon knien zwei Engel, die die göttliche Dreifal­tigkeit anbeten; Blütenvasen sind Sinnbild dafür, dass Gott aller Schmuck und alle Ehre gebührt.

Die zwei Altäre in den zum Chor überleitenden Mulden stammen wieder von Sebastian Eberl, die Gemälde von Benedikt Werkstätter (1753/54). Sie zeigenden selben leicht konkaven Aufbau: sarkophagförmige Mensa, Taber­nakel mit breit ausgreifenden seit­lichen Volutenfeldern, hohe, dop­pelgeschoßige Predellenzone, Al­tarbild, flankierenden Figuren, Pilastern bzw. Volutenlisenen, darüber geschwungenes Gesims, glockenförmiger Auszug mit Oberbild und zwei auf den ausschwingenden Voluten sitzenden Engeln. 

Aufgrund der Bestimmung des linken Altares für die Corporis-Christi­-Bruderschaft (= Fronleichnamsbruderschaft) ist im Altarblatt die Einset­zung der Eucharistie beim Letzten Abendmahl dargestellt. Auch die flankierenden Figuren beziehen sich auf dieses zentrale Geheimnis des christlichen Glaubens: St. Karl Borromäus (links) hat sich als Kardinal und Erzbischof von Mailand nicht gescheut, den Pestkranken selbst den Leib Christi als Wegzehrung zu bringen. St. Johannes Nepomuk (rechts) ist der Patron für eine gute Beichte und erinnert somit daran, dass der Gläubige nur mit reinem Herzen die Kommunion empfange. Das Oberbild zeigt die hl. Katharina, weil die Fronleichnamsbruderschaft um 1618 aus einer von Pfarrer Haberl (1581-1604) ins Leben gerufenen Katharinenbruderschaft hervorgegangen ist. 

Der rechte Seitenaltar zu Ehren der Gottesmutter bezieht sich auf die 1739 gegründete Skapulierbruderschaft. Daher zeigt das Gemälde auch die Vision des Karmeliterheiligen Simon Stock vom 16. Juli 1245, wo ihm die Gottesmutter das Skapulier übergab mit der Zusicherung, dass jeder, der damit bekleidet sterbe, das ewige Heil erlangen werde. Daher wird es von Gläubigen, besonders den Mitgliedern von Skapulierbruderschaften, als Zeichen des himmlischen Schutzes getragen. 

Für den Beistand von oben stehen zudem die seitlichen Heiligenfiguren: Donatus (links) ist Schutzpatron gegen Unwetter, Florian (rechts), Märty­rer im Ennsfluss (304), wird als Fürsprecher bei Feuer- und Wassergefah­ren angerufen. Im Oberbild sind Antonius von Padua und Franz von Assisi, beliebte Schutzheilige in verschiedenen Lebenslagen, dargestellt.

Der linke Altar weist einen vorwiegend weiblichen Schwerpunkt auf und kreist um die Themenbereiche Familie, Mutterschaft, Jungfräulichkeit. Das Altarblatt stellt als Vorbild eines vom Glauben geprägten Familienle­bens die UntGeorgsaltarerweisung Mariens im Lesen der Hl. Schrift durch ihre Mutter Anna im Beisein des Vaters Joachim dar, das Oberbild den Bräutigam Mariens, den hl. Josef. Die Statuen repräsentieren die hl. Barbara und Margareta, frühchristliche Jungfrauen und Märtyrerinnen, die zusammen mit Katharina v. Alexandrien (s. Cor­poris-Christi-Altar) als Nothelferinnen und als "Virgines Capitales" (volks­tümlich "die hl. Madeln") verehrt wer­den. Das Predellenbild ist eine Kopie des Gnadenbildes "Maria vom Guten Rate" von Genazzano bei Rom in schö­nem Rokokorahmen. 

Der Georgsaltar gegenüber zeigt im zentralen Gemälde den reitenden Dra­chentöter, im Oberbild den hl. Leon­hard. Beide werden von der bäuerli­chen Bevölkerung hoch verehrt, heißt doch "Georg" übersetzt schlichtweg "Bauer"; und der Heilige wird vorwie­gend als Pferdepatron angerufen. Le­onhard gilt allgemein als Patron der Haustiere. Das Predellenbild gibt das Schweißtuch der Veronika wieder, das im Petersdom zu Rom aufbewahrt wird.

Die Statuen der beiden Johannes, also des Täufers (links) und des Evan­gelisten (rechts) erinnern an zwei große Verkündiger des Wortes Gottes. Das Bildprogramm des Altares will somit sagen: Bei al­ler Sorge um die irdische Exis­tenz (Haus und Vieh!) sollen sich die Christen zu allererst am Wort Gottes orientieren und entsprchend in der Welt wirken oder mit einem neueren geistlichen Lied formuliert: "Gehet nicht auf in den Sorgen dieser Welt, suchet zuerst Gottes Reich" (vgl. Mt 6,33).